根据相关法律规定，县级以上地方人民政府负责管理房屋拆迁工作的部门(以下简称房屋拆迁管理部门)对本行政区域内的城市房屋拆迁工作实施监督管理。政府部门划定拆迁范围以后，需要在拆迁范围内的农村进行拆迁公示，同时还要组织村民开听证会，讨论关于拆迁的问题，其中就有包括拆迁的范围，时间，人员的安置，补偿的标准和方式等。由此可见，农村房基地拆迁补偿应该找当地政府房屋拆迁主管部门协议。
农村房基地上房屋拆迁补偿是根据所在位置、建筑面积、装修、附着物进行补偿的。其中，房屋补偿标准因房屋结构不同而不同，具体的房基地上房屋拆迁补偿金额要根据当地的政策来执行。目前没有统一的标准，由于各地经济发展水平差异很大，各地之间的补偿金额也会有很大差异。农村房基地拆迁的程序有：
1、告知。在征收房基地前，市、县国土资源部门应当将拟征土地的用途、位置、补偿标准、安置途径等以《征地告知书》的形式告知被征地的农村集体经济组织和农户。同时告知被征地农村集体经济组织和农户，对拟征土地的补偿标准和安置途径有申请听证的权利。并且告知书应当在拟征土地所在地的村、组内张贴。
2、征地调查确认。在发布征收告知书后，市、县(市)国土资源部门应当及时调查核实拟征土地的权属、地类、面积以及地上附着物权属、种类和数量等，据实填写《征地调查结果确认表》，被征地的农村集体经济组织、农户以及地上附着物产权人应对调查结果予以确认。
3、组织听证会。被征收房基地集体经济组织和农户就征地补偿标准和安置途径提出听证书面申请的，市、县(市)国土资源部门应当开展组织听证。如果被征地的农村集体经济组织和农户在听证告知后5个工作日内未提出听证书面申请的，视为放弃听证。
总之，从农村房基地拆迁程序上看，征收方和农民签订补充协议后，应该及时支付补偿款。管理和分配补偿款的部门应该是县国土部门。农民拿到补偿款有异议的，应当向上级部门提请异议。或者通过法律程序维权。
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