房屋征收和补偿是一系列的行为，不同行为责任主体是不一样的，所以在相关诉讼活动中被告不能一概而论，而应当依据法律、行政法规赋予的职责权限来确定被告。
根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第四条，市、县级人民政府负责本行政区域的房屋征收与补偿工作。市、县级人民政府确定的房屋征收部门(以下称房屋征收部门)组织实施本行政区域的房屋征收与补偿工作。市、县级人民政府有关部门应当依照本条例的规定和本级人民政府规定的职责分工，互相配合，保障房屋征收与补偿工作的顺利进行。
国有土地上房屋征收行为的主管部门是市、县及人民政府，在设区的市里，市人民政府和市辖区人民政府理论上来讲都有征收权，这个时候就要由市人民政府来确定是由谁来行使征收权。主管征收的市、县级人民政府负责征收中的决策工作，其职责范围的内容大多与决策决定有关，所以在对下列事项提起诉讼时，被告应确定为主管的市、县级人民政府：(1)组织有关部门论证和公布征收补偿方案，征求公众意见，并对意见汇总以及修改情况进行公布(2)进行社会稳定风险评估(3)作出征收决定前，组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理(4)依法作出征收决定并公告(5)确定房屋征收补偿方案(6)房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告
市、县级人民政府所确定的房屋征收部门是征收补偿工作的主办部门，一般确定的方式有两种：单独设立独立的房屋征收管理办公室或者由现有的城乡建设或者房地产管理部门兼任。房屋征收部门作为具体实施征收补偿工作的房屋征收部门，其职责范围都是直接而具体的工作，包括：(1)初步拟定房屋征收补偿方案(2)调查登记房屋基本情况(3)书面通知有关部门暂停手续办理(4)组织房屋价值评估(5)与被征收人协商并签订补偿安置协议，报请补偿决定(6)建立征收补偿档案
这其中，明确由房屋征收部门负责参与诉讼的是安置补偿协议的履行纠纷。在调查、评估、建立档案中如果存在违法行为，会直接影响征收决定和补偿决定的效力，所以很少有直接起诉的情况。房屋征收补偿方案、补偿决定的负责机关是作出决定的市县级人民政府，初步拟定补偿方案和报请补偿决定是不可诉的过程性行为。
虽然实践中很多负责征收具体工作的是街道办事处、征收指挥部等基层部门，但是除直接起诉其违法主办、主管征收以外，一般的征收行为是不能以这些基层部门作为被告的。
根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》，街道办事处等基层是不能作为房屋征收的主管或者主办部门的，只能作为接受房屋征收部门委托的单位，在委托的限制范围内进行征收的具体工作，而征收委托造成的法律后果则应该由进行委托房屋征收部门负责，行政诉讼的被告应该是进行委托的房屋征收部门。当然，如果受委托的单位超越委托权限、滥用受托权谋取不正当利益的，法律后果由实施单位承担，这个时候被告自然也就是受托单位。
